Opened by anou at 2010-11-02 12:23
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Hallo,
ich hab folgendes Problem. Ich habe zwei arrays die gesplittet und wieder zusammengefügt werden. Klappt wunderbar, allerdings sortiere ich eins der Arrays vorher, und wenn ich splitte und wieder zusammenfüge ist es unsortiert. Als ob die Sortierschleife ignoriert wird.
Mein output sieht so aus:
Wie man siehts sind die Regionen unsortiert, obwohl ich vorher eine Sortierschleife benutze.
Das zweite Problem das ich habe betrifft die letzte Spalte (ID=NTR-a1;Parent=NTR-a;Name=motif_small_b). Das ID=NTR-a1 müsste für jede Zeile hochgezählt werden, also -a2 -a3 usw. Desweiteren müsste der "Name" (Name=motif_small_b) sich auf die 3te Spalte beziehen, also sich mit der 3ten Spalte mitverändern.
Wie bekomme ich das hin? Irgendetwas mit Laufvariablen und Index, aber wie?
Hoffe habe mich verständlich genug ausgedrückt
LG
ich hab folgendes Problem. Ich habe zwei arrays die gesplittet und wieder zusammengefügt werden. Klappt wunderbar, allerdings sortiere ich eins der Arrays vorher, und wenn ich splitte und wieder zusammenfüge ist es unsortiert. Als ob die Sortierschleife ignoriert wird.
Code: (dl
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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::Perl;
use Data::Dumper;
my @var;
my @gff;
my @fields;
my @results;
my $gff;
my $gfffilename;
my $string;
my $name;
my $line;
my $var;
my $score;
my $column;
@fields=();
@results=();
@var=();
@gff=();
my %score;
my $varfilename;
my $ref;
# sub routinen
###########################
sub read_gff_file {
print "Enter the filename of your input file with the single columns of your gff file:= ";
chomp( my $gfffilename=<STDIN> );
open my $gff_fh, '<', $gfffilename or die "$gfffilename Can not open file\n";
# only read first line
chomp( my $gff = <$gff_fh> );
return $gff;
}
sub open_var_file {
print "Enter the filename of your input file with the variants:= ";
chomp( my $varfilename=<STDIN> );
open my $var_fh, '<',$varfilename or die "$varfilename Can not open file\n";
return $var_fh;
}
sub do_my_job {
my @column = split(/\t/,&read_gff_file());
my $var_handle = open_var_file();
while ( my $line = <$var_handle> ) {
chomp $line;
# should reveal 3 fields like (A,A1,A2)
my @fields = split /\t/, $line;
my @result = @column;
splice(@result,2,0,@fields);
print join( ' ', @result ), "\n";
}
}
# main program
###########################
foreach (my $var_fh)
{
($name,$score) = split; # get score
$score{$_} = $score; # record it
}
print sort {
$score{$a} <=> $score{$b};
}
@var;
do_my_job();
Mein output sieht so aus:
Code: (dl
)
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NC_010109.1 NTRFinder motif_small_h 2298 2308 . . . ID=NTR-a1;Parent=NTR-a;Name=motif_small_b
NC_010109.1 NTRFinder motif_small_h 2309 2319 . . . ID=NTR-a1;Parent=NTR-a;Name=motif_small_b
NC_010109.1 NTRFinder motif_small_i 822 832 . . . ID=NTR-a1;Parent=NTR-a;Name=motif_small_b
NC_010109.1 NTRFinder motif_small_i 1598 1608 . . . ID=NTR-a1;Parent=NTR-a;Name=motif_small_b
NC_010109.1 NTRFinder motif_small_j 1723 1733 . . . ID=NTR-a1;Parent=NTR-a;Name=motif_small_b
Wie man siehts sind die Regionen unsortiert, obwohl ich vorher eine Sortierschleife benutze.
Das zweite Problem das ich habe betrifft die letzte Spalte (ID=NTR-a1;Parent=NTR-a;Name=motif_small_b). Das ID=NTR-a1 müsste für jede Zeile hochgezählt werden, also -a2 -a3 usw. Desweiteren müsste der "Name" (Name=motif_small_b) sich auf die 3te Spalte beziehen, also sich mit der 3ten Spalte mitverändern.
Wie bekomme ich das hin? Irgendetwas mit Laufvariablen und Index, aber wie?
Hoffe habe mich verständlich genug ausgedrückt
LG