@array1 = (
 'a1',
 'a2',
 'a3',
 'a4',
 'a5',
 'a6',
);

@array1 = (
 'a1',
 'b1',
 'c1',
 'd1',
 'e1',
 'f1',);

(a1, b1, c1, A1, A2, A3, d1, e1, f1)

#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

# datei oeffnen, etc.

my @array = (
    'a1 a2 a3 a4 a5 a6',
    'b1 b2 b3 b4 b5 b6',
    'c1 c2 c3 c4 c5 c6',
    'd1 d2 d3 d4 d5 d6',
    'e1 e2 e3 e4 e5 e6',
    'f1 f2 f3 f4 f5 f6',
);

my @spalten;
for my $str ( @array ) {
    my @arr = split m{ }, $str;

    # erzeuge AoA; der aeussere Index kennzeichnet die Spalte, 
    # der innere Array hat die Elemente der Spalte
    for my $i ( 0 .. $#arr ) {
        push @{$spalten[$i]}, $arr[$i];
    }

    # Kontrollausgabe
    warn Dumper( \@spalten ), $/;
}

# "datei" auslesen
while ( my $line = <DATA> ) {
    
    chomp $line;                # umbruch entfernen

    # Sollte 3 Felder (z.B. A,A1,A2) ergeben
    my @fields = split m{ }, $line;

    # fuer jede Spaltensammlung
    for my $aRef ( @spalten ) {
        # dereferenziere die Spaltensammlung und arbeite mit Kopie
        my @result = @$aRef;

        # fuege die eben ermittelten 3 Felder in die Kopie
        splice(@result,3,0,@fields);

        # gebe Ergebnis aus
        print join( ', ', @result), "\n";
    }
}

__DATA__
A1 A2 A3
B1 B2 B3
C1 C2 C3