@payx
Der Ansatz ist nicht schlecht, aber ich habe immer noch das Problem, dass ich nicht mit einem Index wie bei einem Array arbeiten kann.
Ich habe 3 ineinandergeschachtelte For Schleifen.
In der ersten wird 'A' gesetzte in der zweiten dann 'Param1'...

- $hash{'A'}->{'Param 1'}->[0]='Value 3';
Das würde bei mir so aussehen:

1. Schleife und abfrage ob ($FUNCTION_ARRAY[$i]->gi() == function)
$hash{$FUNCTION_ARRAY[$i]->att('name')};

Gespeichert: A
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2. Schleife und Abfrage ($FUNCTION_ARRAY[$i]->gi() == parameter)
$hash{$FUNCTION_ARRAY[$i]->att('name')}->{$FUNCTION_ARRAY[$i]->att('name')};

Gespeichert param1->param1
Hier möchte ich das erste {$FUNCTION_ARRAY[$i]->att('name') durch eine Index ersetzen, damit ich den Wert aus der 1. Schleife hätte, was ja aber nicht geht.
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3. Schleife und Abfrage ($FUNCTION_ARRAY[$i]->gi() == value)
$hash{$FUNCTION_ARRAY[$i]->att('name')}->{$FUNCTION_ARRAY[$i]->att('name')}->[$Counter]=$FUNCTION_ARRAY[$i]->att('value');

param1->param1->value1

Zudem ist der Hash nicht in der Reihenfolge, wie ich ihn gespeichert habe.

@topeg
Das mit dem Split_line kapiere ich zwar noch nicht so ganz.
$array[1]->[0]->{foo}="bar";
Was bedeutet das {foo}?