Bei solchen Problemen kompiliere ich das Modul für das System, packe es in einen extra Ordner 'libs' und hänge den hinten an '@INC' an. Ist das Modul im System enthalten wird das genutzt ansonsten wird das aus dem 'libs' Ordner genommen.
Probleme gibt es dabei aber, wenn Module VersionTests machen, dann kann es passieren, dass ein Systemmodul das Lokale Modul nutzen will und über die Version stolpert.