Stimmt, da hast du wieder recht. Habe grade mal die Doku überflogen und denke, das Problem ist, dass mainloo() nicht zurückkehrt.
Der Ansatz mit fork() hört sich dann schon mal richtig an. Den Prozess, der den Proxy macht, wegforken und dann mit Net::SFTP auf den Proxy verbinden.
Wenn du fertig bist, schickst du normal einfach ein SIGTERM an die PID des Proxy-Prozesses.

Eventuell gehts aber auch ganz ohne das Modul. Wenn ich die Doku zu Net::SSH::Perl richtig lese (auf dem Net::SFTP aufbaut), dann kannst du da bei new() auch analog zur Kommandozeile das ProxyCommand mit reinbringen.
Schau dir mal den Key ssh_args an. Der wird direkt an Net::SSH::Perl durchgereicht und dem kann man bei new() mittels options auch SSH-Optionen mitgeben.