Soweit schon klar, nur greift ja MVC viel mehr bei bspw. Webanwendungen.
Wenn ich GUI-Krams habe, welches neue Eingaben vom User und/oder von parallelen Threads erhält, dann ist das mit dem MVC schon nicht mehr sauber lösbar (meine ich).

Ich hätte gerne eine Skelettanwendung ohne Inhalt, die Threads und GUI schön sauber trennt. Ich würde eine selber machen, nur fehlt mir da so ein bissel die Inspiration wie man es am sinnigsten aufteilt. Derzeit main mit usees drin und Funktionsaufrufen, ein Modul für GUI-Aufbau, ein Modul für GUI-repeats, button-commands usw., ein Modul für Threadsteuerung/Querying (Master/Worker) und ein Modul für Funktionsaufrufe der Thread-Worker.

Kann mir jemand ein Programm mit gutem Aufbau nennen, wo ich mich bedienen kann?

Dann hätte man/ich einen guten Rumpf auf die man alle künftigen GUI-Anwendungen aufsetzen kann.

Vielleicht sowas wie Catalyst für GUIs (nur ohne die Automatik).