Schau dir das MVC-Konzept an, das lässt sich auch in Perl leicht umsetzen. (MVC = Model-View-Controller)
Auch wenn du es nicht ganz so streng umsetzt, so ist es sinnvoll die GUI in einen eigenen Namespace zu packen und wenn man kann als Klasse behandeln. Ein gute Trennung ist sehr nützlich, da es spätere Änderungen und das finden von Fehlern vereinfacht. Es ist aber auch aufwändig.
Zerlege die GUI in kleine Logische in sich geschlossenen Einheiten. Wenn das Design mal geändert werden soll, brauchst du nicht gleich alles neu zu schreiben.
Mach ordentlich Gebrauch von Funktionsrefenzen um die logischen Funktionsblöcke miteinander zu verbinden. Das verbessert die Trennung macht die Wiederverwendung von logischen Blöcken einfacher.
(Z.B. bei Java wird das über Objekte simuliert, was ein ziemlicher Hickhack ist, finde ich)

So versuche ich es meist zu halten. Es gibt auch andere Herangehensweisen.