naja das hatte ich ja schon gesagt. bis zum ende von STDIN abwarten und dann was mit den eingelesenen daten machen.

entweder mit while oder gleich my @lines = <STDIN>;

wenn RPerl in der schleife natürlich ein last oder so macht, dann ist es natürlich sein fehler, aber ich nehme mal an, dann hätte er uns das mitgeteilt.
"Nun ist es aber irgendwie so, dass mein Programm zu frueh aufhoert zu warten und zu lesen"
wenn ein script "irgendwie aufhört zu lesen", nehme ich mal nicht an, dass RPerl selbst die schleife abbricht, dann wäre die lösung ja ziemlich trivial.