wie liest du denn in program2 STDIN ein? und wie lange sind die pausen?
was meinst du mit "fuehrt hin und wieder zu Fehlern"? was führt zu einem fehler? wie äussert sich der fehler?
wenn mich nicht alles täuscht, müsstest du einfach nur bis zum ende von STDIN abwarten und dann was mit den eingelesenen daten machen.