Ich kann auch nur raten.
Windows hat eine anderes Prozesskonzept als Linux. Während unter Linux sehr viel der Prozessüberwachung von System übernommen wird, wird unter Windows viel vom Elternprozess verwaltet. Das Konzept ähnelt eher Threads.
Ich kann mir vorstellen, das es als Fehler erkannt wird, wenn ein Prozess weiter Läuft obwohl STDOUT geschlossen wurde. Wie man das umgehen kann wüste ich nicht. Da solltest du mal in einem Apacheforum fragen.
Es könnte sich auch um eine fehlende Fehlerbehandlung im Apache selber handeln.