Es spricht einiges dafür, dass das Problem darin begründet liegt, dass die Ausgabe der Fehlermeldung auf STDERR erfolgt, während Du nur STDOUT in Dein Skript umleitest.

Das lässt sich beheben, indem man mit IPC::Open3 oder ähnlichen Modulen arbeitet, indem man die Shell im qx{}-Befehl anweist, STDERR auf STDOUT umzuleiten (nslookup ... 2>&1 oder ähnliches, je nach Shell), oder indem man es gleich gescheit macht und statt eines Aufrufs des externen Programmes nslookup ein passendes Perlmodul benutzt.