Ja, der Profiler, kann nur das anzeigen, was ausgeführt wurde.
Da hatte ich mich vom dir angegebenen Artikel verleiten zu lassen, dir ginge es nur um die Anzeige der Profiling-Daten.

Du willst aber ein Flussdiagranm aus dem Perl-Code erzeugen.

Da könnte dir Graph::Easy und Devel::Graph helfen.