keine ahnung, ob es sowas wie slow_queries für den apache gibt.
bei battie logge ich jeden request selber mit und kann dann über die laufzeit statistiken erstellen, aber man kann wohl auch die zeit, die der request dauert, vom apache mitloggen lassen:

http://httpd.apache.org/docs/2.0/mod/mod_log_confi...
%...D: The time taken to serve the request, in microseconds.