Was heißt in Deinem Sprachgebrauch "Es funktioniert nicht"?

Was steht denn im error_log des Apache Webservers, wenn Du das Skript aufgerufen hast?

Hast Du darauf geachtet, dass WinDOS und Linux verschiedene Zeilenumbrüche verwenden?
Wenn Du versuchst, eine DOS-formatierte Datei unter Linux auszuführen, kann Dich das schnell beißen, weil der DOS-Umbruch aus zwei Zeichen (\x0d\x0a) besteht, der Linux-Umbruch aber nur aus einem (\x0a).
Dann kann es schon mal passieren, dass die Shebang Zeile fehlerhaft ist (#!/usr/bin/perl\x0d, ein Pfad, den es in der Regel nicht gibt.)