1) Nötig ist es nicht das es du alles in einem Modul auslagerst, später wirst dich aber bestimmt darüber freuen
2) Du solltest FCGI nicht direkt verwenden sondern eine Abstraktion, dafür haben wir endlich auch in Perl seit kurzem PSGI/Plack. www.plackperl.org
3) FCGI ist persistent, das bedeutet dein Programm startet und dann läuft es. Danach werden anfragen vom laufenden Skript aus bedient. Das heißt, ob du nun Code in einem Modul ausgelagert hast oder nicht, spielt keine Rolle.