naja ...
ad 1: stimmt absolut, finde ich persönlich aber nicht allzu schlimm.
ad 2: ja, das muss man lösen - dafür gibt es aber etliche javascripts und einen simplen "keine navigation? klick hier"-link. finde ich auch verkraftbar.
ad 3: warum sollte man zwei frames ändern wollen? ok, egal, stimmt so ungefähr, allerdings kann man sein frameset dann auch so designen, das bei diesen situationen einfach ein neues frameset für die bereiche geladen wird, die jeweils geändert werden.
ad 4: stimmt, finde ich aber nicht so tragisch, um ehrlich zu sein.
ad 5: absolut, das sehe ich aber persönlich eher als vorteil an, frei nach dem motto "ach, du möchtest nur den content sehen und nicht den ganzen navigationsquatsch? bitte sehr". wenn man das neue fenster wieder schließt, hat man wieder die navigation.
ad 6: was aber auch wieder ein vorteil sein kann - die navigation ist immer sichtbar und das ohne javascript und css. man kann allerdings auch hier mit resize-frames arbeiten, die man sich dann einfach wegschieben kann oder ein javascript einsetzen, was das frame automatisch auf klick resized und auf weiteren klick wieder zurückholt.

frames sind nicht immer sinnvoll, aber in vielen bereichen finde ich sie durchaus sinnig. gerade dann, wenn man viel content zu verwalten hat, da ist es zwar möglich, jedes mal eine neue seite zu laden, allerdings betrachte ich persönlich das als overhead. meist hat man dann, wenn man in eine kategorie klickt, entweder einen leeren oder einen nicht zutreffenden content-bereich ausgefüllt.
frames ja, aber nur da, wo sie sinn machen.