sid burn hatte ja schonmal gefragt, ob CGI.pm vielleicht an der stelle schon geladen wurde. in dem fall liest CGI.pm halt STDIN aus, und für dich ist er so futsch bzw. du kommst halt dann im prinzip nur noch über CGI.pm ran.
und wie es aussieht, tust du halt genau das, du lädst CGI.pm und erstellst ein objekt. hast du schonmal die vorschläge ausprobiert, wie du trotzdem an die STDIN-daten kommst?