Wenn es hier nicht darum geht, eine bestimmte Aufgabenstellung zu lösen, würde ich entweder Tie::File benutzen (das Modul sollte bei deinem perl dabei sein) und die Zeilen dann mit splice entfernen, oder den gewünschten Dateiinhalt erst einmal in eine temporäre Datei schreiben, und dann die alte Datei mit der Temporären via rename überschreiben.