eine weitere möglichkeit wäre, dass das programm erkennt, ob es interaktiv in einer shell aufgerufen wird oder nicht interaktiv. manche programme reagieren darauf, indem sie ihren output ändern.

mein erster test wäre, das ganze erstmal von der GUI zu lösen und in einem skript isoliert zu testen (statt GUI-update einfach ausgabe auf STDOUT).

wenn man nicht weiss, wo der fehler/unterschied liegt, sollte man zunächst herausfinden, durch was genau der unterschied hervorgerufen wird.