Ja, das weiß ich. Es geht ja darum, herauszufinden, was hier ungewünscht puffert.
Deshalb nochmal meine Frage: Werden die Meldungen über die $pipe denn auch sukkzessive geliefert?
Mach mal unmittelbar nach while (my $msg = <$pipe>) {
irgendeinen Print mit time() in eine Logfile o.ä.
Dann sehen wir, ob mit der pipe was nicht stimmt oder ob die Pufferung zwischen Deinem Perlscript und Deiner GUI im Browser stattfindet.