Wenn der Fingerprint des Zielrechners bei Verbindung über SSH unbekannt ist, meckert das Programm.
Kann es sein, dass dein Skript mit einem anderen User abläuft als dein Shellogin?
Dann ist nämlich auch kein Zugriff auf ~/.ssh/known_hosts möglich.

Da ich nicht weiß, wie dein Perl-Skript aussieht und auf welche SSH-Bibliotheken es zugreift, ist es schwierig zu helfen.