am besten kannst du sowas mit fork umgehen.
ob das skript abgebrochen wird, hängt von der webserver-konfiguration ab; im zweifelsfall gibt es eh ein limit der ausführungszeit.
kann auch sein, dass man dieses limit auch nicht mit einem fork umgehen kann, hängt wie gesagt vom system ab. im regelfall werden CGI-skripte aber nicht durch das stoppen im browser beendet.

das klassische vorgehen ist wie obengenannt, dass man den prozess forkt, und das skript im vordergrund sofort eine webseite ausgibt, die sich regelmässig aktualisiert und den status des geforkten prozesses ansieht.