Aufgrund der genannten Syntax des Aufrufes von diff vermute ich mal, Du verwendest das Modul Text::Diff, was soweit ich weiß keine Option unterstützt, um verschiedene Zeilentrennzeichen gleich zu behandeln. Allerdings kann man der diff-Funktion aus diesem Modul statt Dateinamen auch Dateihandles übergeben — mit Hilfe des IO-Layers :crlf sollte sich das gewünschte Verhalten also erreichen lassen.