deine benutzung von modulen ist etwas ungewöhnlich. du erstellst zwar instanzen der klassen, aber nennst diese instanzen "modul1" etc., wobei sie eher "object1" etc. heissen sollt.
ausserdem benutzt du die instanz selbst nirgendwo.
objektorientierung ist gerade dazu da, um methoden zu kapseln und eben nicht von überall aus aufrufbar zu machen. wenn du also in einer methode von Modul1 eine methode von Modul2 aufrufen willst, brauchst du an der stelle eben eine instanz von Modul2. die müsstest du an die methode von Modul1 als parameter übergeben. ohne $modul2 kommst du an die methode nicht (sauber) ran, es sei denn, du benutzt sie als klassenmethode.
als beispiel für klassenmethoden siehe File::Spec