Das CGI erbt vom Apache die Rechte.
Da er als Dienst läuft, ist er meist mit vollen Adminrechten ausgestattet.

Im Prinzip müsstest du für eine eigenen Gruppe unter den Windows-Benutzern einrichten, die nur auf bestimmte Verzeichnisse zugreifen darf. Dnn bräuchtest du ein ein Perl oder EXE-Programm, das als Warpper für alle .cgi und .pl-Dateien agiert. Dieses prüft, ob die Verzeichnisrechte mit dem des Users übereinstimmen.

Hmm, ich habe bis jetzt nix im WWW gefunden, vielleicht schreibe ich mal was.