Ich arbeite auch recht viel mit Ajax und nutze garkein Template System. Habe ein Template, das zieht im head die jeweiligen JS Dateien an und fertig. Ständig verwendete Dinge wie z.B. Uhr oder Anmeldebalken hab ich im Template selbst verankert.

Oder zielte die Frage darauf ab, ob und welche Javascript Libs verwendet werden? Dafür könnte ich bei Bedarf auch ein sehr gutes Forum empfehlen.