Bei so was lege ich zu jeder Datei eine versteckte gleichen Namens an (meist mit der Endung ".log") und schreibe in die alle Änderungen (soweit möglich)

Nur das kopieren wird etwas aufwändiger, da man auch die versteckten Dateien mit kopieren muss.

Wie schon gesagt gibt es verschiedenen Dateisysteme, die das Anhängen von Metadaten erlauben. Unter Linux unterstützt das, glaube ich, XFS, jedoch ist das nicht POSIX-konform und damit nicht sehr portabel.

Solltest du die Daten (csv-Dateien) nur in eigen (selbst geschrieben) Programmen verwenden, so kannst du auch alle zusammengehörigen Dateien in ein Container wie "tar" oder "zip" packen und so zusammenhalten. Es gibt für beide gute Module.

Einige Programme unterstützen auch Kommentare innerhalb einer CSV-Datei.
Wenn die das erste Zeichen einer Zeile einem "#" oder "!" beginnt wird sie ignoriert, in wie weit das unterstützt wird weiß ich nicht.