Hängt vom Filesystem ab. NTFS oder HFS können z.B. Daten versteckt an Dateien anhängen. Ich würde dir aber eher raten, die Metadaten in einer eigenen Datei im jeweils aktuellen Verzeichnis abzulegen, das finde ich leichter zu verwalten, ist OS und FS unabhängig und transparenter für den User.

edit: Informationen zu versteckten Daten findest du u.a. bei Wikipedia http://de.wikipedia.org/wiki/Alternate_Data_Streams