jetzt wo ich es sehe, so ein ähnliches Problem hatte ich mal mit einem defekten Raid. Die Dateigrößen stimmte alle, mur waren sie leer (mit altem Datenmüll gefüllt oder halt mit \000) Bei mir war es eine Fehlkonfiguration des Controllers.
Es kann es sein, dass eine Platte im Raid den Geist aufgegeben hat und keiner hats bemerkt/zu spät bemerkt?

Allso ich würde auf ein Dateisystemfehler irgendwo im Verarbeitungsprozess tippen.