Was Du schreibst klingt eigentlich danach, dass das Problem überhaupt nicht auf dem Server sondern vielmehr in Deinem FTP-Client liegt. Da könntest Du ja mal ein paar verschiedene Programme ausprobieren...

Außerdem spricht doch, wenn readdir und File::Find kein Problem mit den Dateinamen haben, auch nichts dagegen, Dein Skript, welches die Archive entpackt, einfach um eine Routine zu ergänzen, die alle Dateien in einem frisch entpackten Verzeichnis so umbenennt, dass keine Sonderzeichen mehr in ihren Namen auftauchen.