Wie rufst du denn diese Verzeichnisse auf?
Per Default müssen die CGI-Scripts unter /cgi-bin/ liegen.
Wenn du andere Verzeichnisse hast, musst du für diese explizit in der Apache-Config die Ausführung von CGIs zulassen:

Alles weitere kannst du ja unter den entsprechenden Stichworten in der Apache-Doku nachlesen.