Öhm, ein system Aufruf ist ungefähr dasselbe wie ein '/bin/sh -c "system-Args"', sprich: es forkt jedesmal eine neue Shell. Die in deinem ersten Aufruf gesetzte PATH-Variable existiert also in deiner zweiten Shell nicht mehr.

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Also dachte ich mir, baue ich ein kleines Perl-Script, welches ich als cronjob aufrufe, welches die entsprechenden Env-Variablen setzt und gut ist.

Die Frage ist, in welcher Shell sollen die Env-Varariablen gesetzt werden? (Btw wäre ein Shell-Skript wesentlich angebrachter für so eine Aufgabe.)

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Can't exec "export": Datei oder Verzeichnis nicht gefunden at test.pl line 9.

Wenn system mit nur einem skalaren Argument aufgerufen wird, und dieses keinerlei shell-Metacharacters hat, wird der String einfach nach whitespaces gesplittet und mit execvp ausgeführt, sprich ohne eine shell "dazwischen". export ist aber ein shell-builtin, also kann das natürlich nicht ausgeführt werden.
Siehe auch