Das mit dem Perl-Script geht nicht, da system() in einer Subshell läuft. Deine Änderungen würden nur in dieser gelten.

Quote

Gibt es denn eine Möglichkeit die crontab als Nutzer "oracle" laufen zu lassen?

Ja, du machst ein als root. Dadurch kannst du eine eigene Crontab für den Oracle-User erzeugen.