Wenn du die Sourcen noch hast, kannst du eventuell mit make uninstall deine selbstgebauten Versionen entfernen.
Eventuell könntest du aus den Sourcen nochmal installieren und dabei das Tool checkinstall benutzen. Damit sollte es dann auch klappen, deinen selbstkompilierten Kram zu entfernen.

Danach installier erstmal sauber die Pakete, die deine Distribution mitbringt. Grade als jemand, der noch nicht sonderlich viel Linux-Wissen hat, finde ich es immer Wahnsinn, wenn da alle möglichen Programme selber gebaut werden, nur weil die Version etwas neuer ist.