Ja, meine Skripten sahen auch so aus, bevor ich ordentlich mit strict und warnings angefangen habe. Man hat sehr schnell etwas davon.

Ich verwende gerne FileHandle zur Verarbeitung der Dateien. Und wenn du solche Werte aus den Dateien erstellst, kannst du die zusätzlich zur Ausgabe auch in einem Hash speichern. Als Schlüssel könntest du z.B. den jeweiligen Dateinamen (vllt. noch mit Pfad, damit du keine Namenskonflikte hast) verwenden, und als Wert eine komplexe Datenstruktur, die deine ganzen Werte enthält.

Mit jeder zusätzlich eingelesenen Datei merkst du dir, wieviele Dateiendu eingelesen hast, und welche Statistiken es zu einer Datei gab.

Diese Datenstruktur kannst du zum Programmende auswerten. Das bietet sich dann auch wieder ideal zum Auslagern in eine Sub an.