Anstatt in einer Schleife nur jeweils eine Zeile aus einer Datei einzulesen, könnte man auch aus mehreren Dateien jeweils eine Zeile lesen und dann Durchschnittswerte bilden. Natürlich wäre das komfortabler und sauberer, wenn man die Funktionalität zum Lesen und Interpretieren einer Datenzeile in eine eigene Subroutine legen würde.

Überhaupt finde ich den Stil des geposteten Skriptes etwas fragwürdig: Datenstrukturen zu deklarieren, die man dann nicht benutzt, ist sinnlos (z.B. my @array) und Werte zu Arrays zuzuweisen, die nicht deklariert sind und nie wieder benutzt werden, ergibt noch weniger Sinn (z.B. @a = $1). Ich würde ganz dringen dazu raten use strict; use warnings; zu verwenden, dann fallen solche Dinge schneller auf (siehe UseStrict).

chomp auf Daten anzuwenden, die garantiert kein Zeilenende enthalten können ist ebenfalls völlig überflüssig.

edit: Und auch beim Schließen eines Dateihandles sollte man nochmal auf Fehler überprüfen.