Vermutlich wird die Fehlermeldung auf STDERR ausgegeben, die Backticks fangen nur STDOUT auf.

Ausserdem waere es mir neu, dass Backticks jemals eine Exception auswerfen, das eval { ... } darum herum kannst du dir also sparen.

Vielleicht brauchst du eher sowas wie IPC::Open3 oder IPC::Run?