Hast Du auch die ScriptAlias Direktive konfiguriert?

Hast Du eigentlich mal nachgelesen (und verstanden) was Du da konfiguriert hast?
Ich habe den Eindruck, dass Du einfach mal eine Handvoll Optionen definiert hast, in der Hoffnung, dass eine davon schon das richtige tut...

Es gibt eine fertiges Tutorial direkt vom Hersteller zum Thema CGI einrichten:

http://httpd.apache.org/docs/1.3/howto/cgi.html
http://httpd.apache.org/docs/2.0/howto/cgi.html
http://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/cgi.html

Welche Version für Dich die richtige wäre, weiß ich nicht. Du weißt hoffentlich, welche Apache-Version Du installiert hast.