Wie wärs am Anfang des jeweiligen Scripts einfach per chdir ins entsprechende Verzeichnis zu wechseln?
Oder gar das Verzeichnis als Argument dem Script zu übergeben, oder ein wrapper batch-Script (*brrr*) zu nutzen?

edit: wenn du einfach nur von jedem CWD den Perlinterpreter ohne Benutzung eines absoluten Pfads aufrufen können willst, dann ja: pack den Pfad zum Interpreter in die PATH Variable.

Quote

If you run Perl at the command prompt, the script will be executed by the first Perl.exe it encounters in the list of paths in the PATH environment variable. To ensure the script is executed by the Perl interpreter of your choice, specify the complete path to the Perl.exe you want to use. (Typing perl -v at the command prompt will tell you which version of Perl is currently first in your PATH)

.