zu 1. du könntest alle elemente, die du beim auswählen im menü löschen will, alle in ein frame packen und diesen frame mithilfe von packForget verschwinden lassen. das verbraucht nicht soviel speicher, als wenn du es jedes mal zerstören würdest. schau mal unter der tk-manpage pack und frame nach.

zu 2. das lösungswort heißt grab. wenn du das toplevel erstellst kannst du mit grab das Mainwindow deaktivieren, wenn das toplevel dann wieder geschlossen wird, kannst du ein grabRelease machen, das gibt aktiviert das mainwindow wieder.