Erster Ansatz wäre, in den Daten einen Zeitstempel einbauen und die Datei nie löschen oder zeitweise kürzen. So könnten/müssten die Zielsystem selber entscheiden, welche Daten neu sind.

Ein zweiter Ansatz wäre, pro Zielsystem einen eigenen Ordner/Datei mit den Daten anlegen. So hätte man das gegenseite Löschen-Problem umgangen.

Dritter Ansatz wäre, das Quell-System schreibt neue Daten in jeweils eine neue Datei und löscht diese in regelmäßigen Abständen. Die Zielsystem müssten dann selber entscheiden, welchen Dateien neu sind.

Vierter Ansatz wäre (ähnlich wie der von topeg), es wird ein Skript aufgerufen, welche die Daten übergibt. Als Parameter wird an das Skript eine ID des Zielsystems angegeben. An Hand der ID werden die entsprechenden Daten ausgegeben.

... oder die (neuen) Daten gleich per Email verschicken :-)