Na, wenn z.B. per Cronjob beide Susen alle 5min. suchen, ob die xyz.txt da ist, dann schnappen sie sich, arbeiten den SQL-Import ab und löschen die xyz.txt, schauen wieder nach 5min, ob eine neue da ist u.s.w.

D.h., wenn die erste Suse sieht, Ja, Datei ist da gehts los.
Wenn die 2. Suse dann 1 sek. später schaut, gibts keine xyz.txt mehr.

Damit würden die Datenbanken auseinander laufen ...

Das ist das Problem