Initscripte starten immer als "root". Es gibt zwei möglichkeiten den nutzer zu wechseln.
1. Das Programm schränkt selber seine Rechte ein, indem es den Account ändert. (der X11-Server, Apache etc. machen das so)
2. Man nutzt su oder sudo um den Account zu ändern.

Man kann immer auf einen nieder previlegierten Account wechseln. (Also von root->nobody klappt immer)


In deinem Fall:
1.


2.
su -c "perl /apps/meinescripts/testscript.pl" NOBODY &