Ich verstehe zwar nicht genau, worauf der Code hinaus will (da wird $line immer wieder überschrieben, aber dafür @list immer weiter gefüllt, unabhängig davon, welche "Wertetabelle" gerade gelesen wird...), aber das Problem liegt darin, dass du nicht mehr in der äußeren Schleife auf ein neues Auftreten von "[Zeile]" oder "[Wertetabelle...]" testen kannst, weil die inneren Schleifen die entsprechende Zeile ja schon eingelesen haben. Mit dem nächsten while ($line = <FILE>) ... wird $line dann überschrieben. Evtl. könntest du schauen, ob du mit kleinen Änderungen "redo" statt "last" in den Schleifen verwenden kannst, um nicht schon die nächste Zeile einzulesen. Ansonsten musst du die Logik ganz umstricken.