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Wenn ich einfache sub-Funktionen in externe Dateien auslagere (ohne package etc.)

Und wie lagerst du aus?

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bekomme ich die Fehlermeldung "Not a CODE reference ", wenn ich Versuche die Funktion aufzurufen.

Welche Fehlermeldung ist das genau, keine Zeilennummer? Schau doch mal in Fehlerlog des Servers.