Also als erstes musst du $session->flush() aufrufen, damit die Session überhaupt gespeichert wird.

Als zweites musst du dir überlegen, wie du die Session-ID überträgst. Da du $session->header() ausgibst, vermute ich, dass du cookies benutzt. Wenn das der Fall ist, kannst du CGI::Session->new() als zweites Argument ein CGI-Objekt mitgeben, das liest dann automatisch die Session-Information daraus.

Ich empfehle, CGI::Session::Tutorial zu lesen - das erklärt viele dieser Dinge detailierter.