Wenn die Userrechte des Apache nicht ausreichen um außerhalb seiner Verzeichnisse zu zu greifen kann das Script das auch nicht.

Direkt zu mod_perl wüßte ich nichts.
Ansonsten gäbe es noch mod_suexec, was aber nicht mit mod_perl zusammen arbeitet
und natürlich mod_fastcgi, das ist aber auch ein anderer Ansatz.

Dann gäbe es wohl noch das:
http://httpd.apache.org/docs/2.0/mod/perchild.html
Das sollte auch mit mod_perl zusammenarbeiten, aber reif für die Nutzung scheint es nicht zu sein.