Wenn safe_mode abgeschaltet ist, läuft alles als root!
Wenn open_basedir abgeschaltet ist, können von überall Dateien gelesen werden.

Anscheinen sind die PIDs unterschiedlich, was wohl auf getrennte Prozesse schließen lässt - aber nicht immer!

Wohin so ein netter system-Aufruf mit mod_php führt, kannst du unter http://bugs.php.net/bug.php?id=38915 lesen!

Im Grunde genommen ist es besser suexec oder suphp zu verwenden. Da läuft das Skript nur mit uid und gid des Users und kann dan nicht sonstwo herumwüten.