havi+2008-05-15 12:19:12--

Vergleich: Jede Zeile mit jeder Zeile...

Das wird so nichts, wenn beide Dateien 3 GB groß sind. So was ist Aufgabe einer Datenbank. Lade die Daten in eine Datenbank und lege ein Index über das Feld an, das verglichen werden soll.

Dann kannst du mit ein bisschen SQL die Abfragen machen die du willst.