Wenn /lib/modules/ leer ist, dann wurde der Kernel ohne Unterstuetzung fuer das Nachladen von Modulen gebaut und/oder alle benoetigten Kernel-Funktionen in den Kernel fest eingebaut.
Der Kernel verliert damit zwar an Flexibilitaet da Funktionen nicht im laufenden Betrieb sondern nur durch Neukonfiguration und Kompilierung des Kernels mit anschlieszenden Neustart des Systems hinzugefuegt werden koennen.
Was jedoch den Vorteil bietet dass Angreifer keinen Schadcode ueber den Austauschen der Moduldatei in den Kernel bringen koennen [1].

Ich denke mal du wirst nicht drumherum kommen einen neuen Kernel zu installieren.
Der Selbstbau des Kernels ist eigentlich nicht das Problem da du zu diesen Zeitpunkt noch nichts am System selbst veraenderst, erst der Neustart des Systems ist etwas problematisch.
Sind zum Beispiel Funktionen die fuer den Start des Systems wichtig sind (Geraetetreiber) nicht dem Kernel hinzugefuegt, hat man sich an der Stelle selbst ausgesperrt.
Es gibt Bootloader mit Fallback-Funktion, bei denen man alternative Booteintraege angibt die dann geladen werden falls bei einen Bootvorgang ein Fehler auftritt. Wenn der Kernel nicht gefunden werden kann oder das beruehmte "Kernel Panic" auftritt. Sollte also etwas schief gehen, wird beim naechsten Start automatisch einer der Fallback-Eintraege gewaehlt (der alte (funktionierenden) Kernel geladen).
Der oft verwendete GRUB-Bootloader besitzt z. Bsp. eine solche Funktion [2]

Generell wuerde ich aber erst einmal beim Hoster nachfragen welches Vorgehen der dir empfehlen kann um einen eigenen Kernel zu backen.

Grusz
Christian

edit:
PS: Muss es unbedingt PPTP sein? Wie waers mit OpenVPN?

[1] Wikipedia:En Loadable Kernel Module - Security
[2] GRUB - Booting Fallback Systems